لیپوپروتئین ها به عنوان یک عامل پیش آگهی دهنده از خطر بروز بیماری های قلبی و عروقی(CHD) (مانند آترواسکلروز) هستند. کلسترول موجود در HDL را HDL-C می نامند. مطالعات بالینی و اپیدمیولوژیکی نشان می دهند که میزان کلسترول HDL یا HDL-C با خطر بروز بیماری های عروق کرونر (CAD) رابطه معکوس دارد. سنجش هم زمان HDL و کلسترول تام و ارائه آن به صورت نسبت، باعث افزایش دقت در پیش بینی بیماری های CAD می شود. نسبت کلسترول به HDL باید حداکثر 5 به 1 و به طور ایده آل 3 به 1 باشد. کاهش غلظت HDL-C با بیماری قلبی-عروقی، هایپرلیپدمی، سیگار کشیدن، چاقی، دیابت و بیماریهای کبدی مرتبط است و ورزش مداوم و مصرف مکمل های نیاسینی باعث افزایش غلظت HDL-C می شود بعلاوه، فاکتورهایی مانند سن، جنس و ویژگی های وراثتی، بر روی غلظت آن موثر هستند. بالا بودن سطح HDL-C پلاسما به نام هیپرآلفالیپوپروتئینمی نامیده می شود و به حالت هایی گفته می شود که میزان افزایش سطح HDL-C پلاسما بیشتر از 90% مقدار طبیعی آن باشد. پایین بودن سطح HDL-C (آلفا لیپوپروتئین) را اصطلاحاٌ هیپوآلفالیپوپروتئینمی می گویند. هیپوآلفالیپوپروتئینمی از روی کاهش سطح HDL-C پلاسما به کمتر از 10% مقدار طبیعی آن شناخته می شود.